Στις 30 Ιουνίου 1902 χειροτονήθηκε επίσκοπος Αρκαδίας. Στις 8 Απριλίου 1941 εξελέγη μητροπολίτης Κρήτης. Διαδέχθηκε τον μητροπολίτη Κρήτης Τιμόθεο Βενέρη (1934-1941). Υπηρέτησε ως Μητροπολίτης Κρήτης με το όνομα Βασίλειος Ε’, από το 1941 έως το 1950.
Κατά την διάρκεια του Β΄ Παγκοσμίου Πολέμου (1940-1944) ο Βασίλειος βοηθούσε όλους όσοι είχαν ανάγκη, επίσης εργάσθηκε πατριωτικά και υποστήριξε την Εθνική Αντίσταση. Εξαιτίας της πατριωτικής του δραστηριότητας συνελήφθη από τους Γερμανούς στις 26 Μαρτίου 1942 και στη συνέχεια υποχρεώθηκε από αυτούς να εξορισθεί και να ζει εκτός της Κρήτης.
Εκείνος διέμενε στην Αθήνα από το 1942 έως το 1945. Μετά το τέλος του Β΄ Παγκοσμίου Πολέμου ο Βασίλειος επέστρεψε στην Μητρόπολή του, στην Κρήτη, στην οποίαν παρέμεινε μέχρι του θανάτου του. Ως μητροπολίτης Κρήτης ο Βασίλειος Ε’ διακρίθηκε τόσο για το ποιμαντικό και φιλανθρωπικό έργο του, όσο και για την πατριωτική και γενικότερα την εθνική του δράση. Εκοιμήθη στο Ηράκλειο στις 10 Ιανουαρίου 1950. Διάδοχός του υπήρξε ο Ευγένιος Ψαλιδάκης.
Ιερού Ναού Κοιμήσεως της Θεοτόκου Μασταμπά Ηρακλείου, θα δοθεί Θεατρική παράσταση, σε ιαμβικό δεκαπεντασύλλαβο, από τη Θεατρική Ομάδα του Πολιτιστικού Κέντρου της Ι. Μητροπόλεως Γορτύνης και Αρκαδίας η όποια είναι εμπνευσμένη από τη ζωή και τους αγώνες του μακαριστού Πρωθιεράρχου της Εκκλησίας Κρήτης Βασιλείου Μαρκάκη.
Κείμενα: Χαριστή Κουκουμπεδάκη.
Διασκευή, απόδοση διαλόγων, σκηνοθεσία: Μαρία Βασιλάκη.
Μουσική επένδυση: Ανδρέας Γιακουμάκης.